Essa taxa de bits é bastante baixa, o que pode explicar o bloqueio (isso é uma palavra?).
Nas diretrizes de upload do YouTube , você está codificando na taxa de bits mínima recomendada para o vídeo 720P padrão. Talvez você deva aumentar para 7500K (7,5 Mbps) e ver se isso ajuda.
Além disso, parece que o Octopi está apenas chamando ffmpeg localmente e retornando o vídeo. A codificação que está sendo usada pode estar resultando em bloqueio. Se você tiver acesso às fotos não processadas, basta despejá-las em um diretório em outra máquina e gerar um vídeo usando um codec de vídeo com menos perdas. Obviamente, isso só funcionaria se as fotos que você estiver tirando forem de alta qualidade. Supondo que sejam, aqui está um bom recurso para produzir vídeos a partir de seqüências de imagens no ffmpeg.
Boa sorte!
PS Como alternativa, se você preferir uma ferramenta de vídeo leve com uma GUI, poderá usar o ImageJ .