Eu diria que polaridade e tensão são as maiores coisas - tudo o que você pode fazer é verificar tudo duas vezes e três vezes; depois verifique novamente ....
Tenha muito cuidado com o local onde você alimenta a energia de 12V (principalmente para aquecedores e ventiladores), vs. 5v (para o Arduino).
Em muitos casos, eu achei claro o caminho que +/- foi indo para fora do tabuleiro (as entradas nas minhas placas foram, pelo menos, marcados claramente!). Descobri que, se eu conectar um conector de chave de limite ao contrário, ele conecta 5v diretamente ao terra, o que provavelmente fará com que sua fonte de alimentação seja cortada (assumindo que ela esteja adequadamente protegida - caso contrário, ela poderá pegar fogo). Os motores de passo, por outro lado, apenas correm na direção errada se você os conectar ao RAMPS ao contrário (bom design!).
Outra coisa a observar só aparece se você estiver ligando o Arduino via USB (eu faço muito isso, pois estou conectado de qualquer maneira para enviar arquivos e outros). Um curto pode tentar extrair muita energia do USB. Nesse caso, meu Mac desliga o USB e envia uma mensagem; Não sei o que aconteceria com outro hardware.
Ouvi dizer que conectar uma placa de stepper-driver em RAMPS para trás provavelmente frita uma placa, e que conectar ou desconectar um motor de passo enquanto alimentado também é arriscado. Mas eu não estraguei tudo ainda, então não tenho certeza agora. :)
Posso ser excessivamente cauteloso, mas nunca deixo a fonte de alimentação conectada quando não estou por perto.
Muitas felicidades!
Steve