Se você está tentando imprimir algo como um cubo de Rubic nas cores corretas, sem usar tinta ou adesivos, existem apenas algumas opções.
Supondo que você esteja usando uma impressora com apenas uma extrusora e sem acessórios sofisticados, será necessário imprimir cada cubo de cores, imprimir em várias peças e juntá-las. Você não pode usar truques como alterar o filamento manualmente em um determinado nível para a maioria dos cubos, porque a maioria deles são cubos de canto com 3 cores.
Supondo que você tenha algum tipo de sistema multimaterial, basta usar os arquivos STL criados com as cores adequadas. E eu estou falando de qualquer tipo de sistema multi-material, incluindo várias extrusoras, a extrusora sofisticada descrita por @Martin Carney ou a MMS do prusia3d.com, que possui 4 entradas para uma única extrusora com a desvantagem de não ser misturada e ter que desperdice automaticamente filamentos ao alterar as cores.
Existe outro sistema usado pela Impressora 3D a cores da Vinchi, que pulveriza tinta sobre o filamento como impressão.
Como o arquivo STL padrão não possui definições de cores, o normal é dividir o arquivo original em vários arquivos STL, cada um com sua própria cor. Isso requer o Meshmixer ou um programa de modelagem em 3D.
Eu fiz muita pesquisa sobre isso, mas ainda não tive a chance de tentar, porque meu Original Prusia 3d e seu kit Multi-Material ainda não chegaram. :(