O mesmo aconteceu comigo há mais de um ano. Meus contatos ainda estão bagunçados porque notei o problema apenas um mês após o ocorrido e também fiz alterações suficientes no telefone e na web do Google para não me atrever a tentar reverter um backup que havia tomado. Eu mesmo. Então, acabei de conviver com ele e limpei os contatos, já que encontrei os que costumavam ser confusos, às vezes olhando manualmente para minhas exportações manuais dos Contatos do Google.
Sugiro simplesmente apagar os contatos do telefone e puxá-los do Google on-line, já que você está dizendo que eles estão bem lá. Você pode apagar os contatos do telefone / dispositivo, por exemplo, através de Configurações do Android → Gerenciador de aplicativos .
Então isso depende um pouco da sua versão Android, mas no meu telefone (Galaxy S5) Eu preciso ir para Todos (aplicações) guia e, em seguida, encontrar contatos, contatos de armazenamento e Google Contacts Sync e se eu queria para limpar meus contatos eu abriria dados (tocando em Limpar dados ) e cache (tocando em Limpar cache ) de todos os três aplicativos mencionados acima.
Como dito, os aplicativos que armazenam os dados de seus contatos e as informações sobre o status da sincronização dependem do seu dispositivo, basta limpar todos os dados relacionados aos contatos e sincronizar novamente a conta do Google em questão através de Configurações → Contas .
Agora, mesmo que as alterações tenham sido transferidas para o Google, você pode reverter seus contatos online com o recurso de reversão bastante poderoso dos Contatos do Google. Deve-se observar que a reversão está disponível por qualquer momento nos últimos 30 dias (e não mais!). Portanto, se você detectar o problema dentro de um mês após o ocorrido, poderá reverter facilmente.
Você pode encontrar / fazer isso em https://contacts.google.com/ → barra de menus do lado esquerdo → Desfazer alterações
Se você precisar reverter o que eu faria, primeiro desative a sincronização de contatos em Configurações do Android → Contas (para a conta do Google em questão). Em seguida, reverta os contatos on-line do Google e reative a conta causando a sincronização.