Como a sparx disse, dependendo de como você fez o root, você pode "desassociar" um aplicativo se você apenas fez o root do dispositivo e não fez mais nada.
Se você modificou o Android, por exemplo, removendo alguns bloatware ou exibiu outra ROM no seu dispositivo, será necessário usar algo como Kies, ODIN ou Heimdall para atualizar a ROM de estoque.
A atualização da ROM padrão pode substituir todos os vestígios de qualquer modificação de software que você tenha feito no dispositivo. Isso pode incluir o sistema operacional, a inicialização e o kernel.
Eu nunca usei o Kies, então não posso falar sobre o quão bom isso funciona. Kies é a ferramenta de atualização "oficial" para os dispositivos.
Eu usei ODIN no passado. É um produto samsung, mas é basicamente um software vazado usado internamente.
O Heimdall é uma alternativa de código aberto ao ODIN que funciona em outras plataformas além do Windows. Ele usa os mesmos protocolos usados pelo ODIN.
Se você seguir qualquer uma das rotas "estoque intermitente", tente procurar alguém que dê instruções exatamente como fazê-lo. A comunidade é muito grande e alguém já fez isso. Se você olhar, poderá encontrar as instruções passo a passo que você pode seguir.