Como afirma Nuronv, no Android 4.0 Ice Cream Sandwich, as subpastas são sincronizadas. No entanto, descobri no meu caso que apenas uma lista parcial de subpastas está sincronizada.
Tenho regras do servidor configuradas para classificar todos os meus emails em pastas muito específicas e o cliente está configurado para salvar respostas na mesma pasta com o email. Isso me permite manter coleções de emails e conversas com um cliente, fornecedor ou projeto específico. Eu literalmente tenho centenas de pastas e subpastas.
Na minha primeira experiência de sincronização, ele capturou apenas 3 subpastas no 2º nível (eu tenho cerca de 8) e, em cada uma dessas pastas, encontrou 3 em uma pasta com mais de 40 anos e 8 em outra pasta onde eu tem cerca de 15. Não parece aparente por que isso está acontecendo.
Vou pegar a segunda sugestão de Nuronv e verificar Moxier ou Touchdown.