As outras respostas estão corretas, mas não apontam algumas diferenças:
Permissões
Os aplicativos do sistema têm a capacidade de solicitar determinadas permissões somente do sistema que nunca estão disponíveis para os aplicativos do usuário. Esta é não o mesmo que permissões root / sudo / su.
One example that I know of and use daily is the ability to reset the missed call notification counter. I have Go Dialer, which is a replacement for the stock dialer and contact app (how you make phone calls). When I miss a call, android lets me know that with a notification. However, Go Dialer is not allowed to reset this counter, even though it asks for that permission when you install the app. Android 2.2 and earlier let user apps reset it, but made this permission a system-only accessible permission for android 2.3
Ao mover meu aplicativo Go Dialer para a partição do sistema, é permitido redefinir esse contador. A raiz não é necessária para o aplicativo (exceto, é claro, para realmente mover o aplicativo para a partição do sistema).
Outra permissão do sistema é a capacidade de definir o local atual do GPS. Agora, o Android tem uma preferência em que você pode permitir locais simulados, para que qualquer aplicativo de falsificação de GPS instalado possa declarar uma localização de GPS. Porém, se o aplicativo estiver na partição do sistema, os locais simulados podem ser desativados enquanto o aplicativo ainda falsifica o local dos gps.
Atualizações
Os aplicativos do sistema podem ser atualizados da mesma forma que os aplicativos do usuário, mas a atualização nunca é integrada à rom original. Ou seja, os aplicativos do sistema têm a capacidade exclusiva de reverter para a versão que existia quando a rom foi instalada pela primeira vez.
Mover para SD
O Android permite que os usuários movam user
aplicativos da memória interna para o cartão SD. Os aplicativos do sistema não podem ser movidos e sempre ocupam algum espaço interno. A maioria dos dispositivos (todos?) Possui aplicativos de usuário internos em uma partição diferente, portanto, a desinstalação de um aplicativo do sistema não forneceria mais espaço para o aplicativo do usuário (exceto o dalvik-cache sendo removido).
Você recuperará algum espaço se desinstalar as atualizações de um aplicativo do sistema. Como observado, as atualizações não são integradas à rom e, portanto, são armazenadas no espaço do usuário. As atualizações também não podem passar para o cartão SD, mas, se removidas, o espaço do usuário é recuperado.
Como isso afeta você
Se você é um usuário casual do Android, provavelmente não encontrará cenários nos quais o aplicativo do sistema versus o usuário faria a diferença. Se você é um usuário avançado, provavelmente possui root e, portanto, pode alterar um aplicativo do sistema para usuário (e vice-versa) se alguma vez encontrar uma dessas situações.