Se a atualização funcionar como deveria (o que é muito provável), você ainda terá todos os seus aplicativos e dados. No entanto, como alguns aplicativos podem ter sido atualizados na versão 4.0, suas opções de configuração podem mudar. Portanto, após a atualização, é uma boa ideia verificar suas configurações.
Alguns aplicativos (geralmente jogos que não são mais atualizados) não são compatíveis com o Android 4.0; portanto, você pode perder 1 ou 2.
No entanto, é sempre mais seguro fazer backup caso algo dê errado. Como você usará o Kies para a atualização de qualquer maneira, é possível usá-lo para fazer backup do máximo de dados possível. Você pode fazer backup de contatos, SMS, calendário, músicas, fotos, configurações e muito mais.
Não sei se o Kies faz backup da sua pasta Downloads. Caso contrário, você precisará copiar manualmente essa pasta para a área de trabalho.
Se a atualização excluir seus aplicativos, eles serão reinstalados pelo Google Play assim que você fizer login. Os seus aplicativos serão copiados no Google Play, mas as configurações e os dados não serão (normalmente). Então você perderia os dados do jogo, por exemplo.