Você verá a atualização (manual) quando as permissões do aplicativo forem alteradas. Portanto, durante a atualização manual, você deve ser perguntado se aceita as novas permissões. Aqui está uma referência do fórum do Android Market . Eu li isso em outro lugar, mas este parece ser o único lugar em que posso encontrá-lo agora. Citando o link:
O Froyo adicionou um recurso de atualização automática para seus aplicativos. Se um aplicativo tiver uma atualização e nenhuma nova permissão, ele será marcado como "atualização" laranja. Se um aplicativo alterou suas permissões, ele fica vermelho e é necessário atualizá-lo manualmente (depois de verificar e verificar as novas permissões, é claro).
...
Mais uma coisa, você pode verificar isso quando atualizar seus aplicativos. Se o aplicativo era uma atualização "laranja" normal, quando você clica em atualizar, o download começará imediatamente. Se o aplicativo era uma atualização "vermelha" manual, quando você clica em atualizar, você precisa concordar com as novas permissões e inicia o download.