99% das vezes o LED significa "notificação nova e descartável". Não sei exatamente como a cor do LED é escolhida, mas parece basear-se no ícone da tela inicial do aplicativo; A IMO possui um ícone / LED azul, Messanging (textos) possui um ícone / LED verde e o Gmail possui um ícone / LED while. A cor é consistente em cada notificação do aplicativo, para que você aprenda qual cor significa que tipo de notificação.
Aparentemente, você também pode controlá-lo por meio de aplicativos (e presumivelmente alterando as configurações do sistema): o Light Flow pode definir as cores das notificações do Nexus 4 por aplicativo . Eu ainda não tentei, mas alega suporte ao Nexus 4.
Você pode ver (acredito) todas as cores que o LED pode mostrar neste vídeo (surpreendentemente longo) . A maioria das cores escolhidas é facilmente distinta para qualquer pessoa com visão de cores típica. Se você possui daltonismo parcial ou aplicativos com cores de notificação sobrepostas, os aplicativos que alteram a cor da notificação podem ser úteis para você.
O LED também pode piscar em vermelho quando a bateria está extremamente fraca e o dispositivo não liga.