Em geral, você não pode fazer isso. A razão por trás da abertura dos links em um navegador é que eles usam os mesmos protocolos dos links da web normais. Portanto, se o aplicativo específico não for um navegador, os links deverão ser abertos com um aplicativo de navegador.
Mas você pode ter visto alguns links (principalmente links para aplicativos Android no mercado) podem ser abertos com o aplicativo Android Market / Google Play Store. Isso é possível porque esses links são usados market://
em seus links em vez dos típicoshttp://
Se você precisar confirmar, tente limpar os padrões do seu navegador Chrome. Isso fará você escolher um aplicativo para abrir um link quando você clicar neles. Isso fornecerá um link aberto com a opção (é claro, para usar os aplicativos do navegador)
Para fazer isso, acesse Settings -> Apps
e selecione o aplicativo Chrome. Role até a parte inferior, localize um botão padrão e clique nele.