Para ser sincero, nunca removi um certificado antes, mas adicionei o meu e parece que é o mesmo processo.
É basicamente:
- use Linux (ou uma VM do Linux)
- instalar bouncycastle (biblioteca SSL do Java)
- faça o download dos arquivos cacerts.bks do dispositivo
- use o comando keytool -delete para remover o certificado do cacerts.bks
- verifique se funcionou com o keytool
- envie o arquivo cacerts.bks de volta ao dispositivo
Bouncy Castle: http://www.bouncycastle.org/latest_releases.html
Instruções detalhadas sobre como usar a ferramenta de chaves: http://wiki.cacert.org/ImportRootCert#Android_Phones
No ubuntu, é um pouco mais fácil fazer o download através do apt, apenas para que você possa acertar as coisas do PATH. "apt-cache search bouncycastle" deve ajudar.