Se você já permitiu que o Google Backup faça backup de seus aplicativos, a alteração das configurações antes da redefinição de fábrica não fará diferença.
Após a redefinição de fábrica, quando você iniciar o dispositivo pela próxima vez, ele seguirá as etapas de configuração inicial pela primeira vez: onde ele orienta você na conexão a uma rede Wi-Fi e no login em uma Conta do Google. Na tela em que você faz login na sua Conta do Google, há uma caixa de seleção para restaurar automaticamente seus aplicativos e dados para este dispositivo (esqueço as palavras exatas).
Desmarque a caixa de seleção neste momento e nenhum aplicativo ou dado será restaurado para o seu dispositivo. Você ainda poderá instalar os aplicativos pagos que comprou anteriormente. Se você ativar posteriormente o Google Backup neste dispositivo, ele iniciará um novo conjunto de dados de backup. Depois de fazer backup desse novo conjunto, da próxima vez que você redefinir o dispositivo de fábrica, a restauração será desse novo conjunto. (Se você redefinir a fábrica novamente antes de fazer alterações ou antes que você tenha uma chance de fazer backup, você ainda terá o conjunto antigo).