Apenas como uma adição: eu tropecei no mesmo (além de outro problema) ao atualizar meu nexus 5 do Lollipop para o Marshmallow. Toda vez que o telefone estava no modo de suspensão (por exemplo: enquanto dirigia meu carro e meu telefone estava no bolso) e eu entrava em um wifi conhecido, ele não se conectava automaticamente.
Normalmente, quando chegava ao trabalho, assim que saía do estacionamento, recebia notificações de e-mails ou mensagens recebidas, mas não mais no Android 6. Assim que desbloquei o telefone, o wifi foi conectado automaticamente e tudo estava bem. Mas eu sempre esqueço de fazer isso e às vezes levava horas para perceber que não havia feito essa etapa e as mensagens não serão enviadas para mim, pois eu não estava conectada à rede wifi até pegar o telefone no bolso e desbloquear uma vez.
Examinei todas as configurações e políticas e, finalmente, encontrei algo que funcionou:
Em Configurações -> Energia -> ... -> Otimização de energia, você pode alternar a lista de "aplicativos não otimizados" para "todos os aplicativos". Em seguida, pesquise "Serviços de conectividade do Google" e desative a otimização de energia para este aplicativo do sistema.
Depois de o fazer, finalmente conecto-me a wifis conhecidos enquanto meu telefone está no meu bolso.
ATUALIZAÇÃO
Eu só queria deixar uma observação, de que houve uma pequena atualização há alguns dias / semanas que trouxe de volta o problema de não conexão automática para mim, o Power Optimization não funcionou mais para mim. Ainda com esse problema, farei uma instalação limpa do Android 6 nas próximas semanas e verificarei se o problema ainda existe. Se sim, eu vou ficar com o Android 5.x
UPDATE2
Houve outra atualização há algum tempo que quase "corrigiu" esse problema.