Esse é um efeito colateral de como as notificações do iOS funcionam - ou, nesse caso, o que acontece quando elas não funcionam.
Vejo esse tipo de erro no game center quando a notificação de um turno chega bem antes dos dados reais do jogo.
É como quando você checa um email e recebe uma notificação (e você recebe alguns dados do envelope de email - quem o enviou, data, assunto), mas o corpo do email ainda está sendo processado e enviado para sua caixa de correio.
No lado da loja de aplicativos para Mac, eu vejo essa incompatibilidade por horas e até em alguns casos nos dias em que o aplicativo é desligado. A loja de aplicativos iOS é muito mais madura, portanto, presumo que a infraestrutura do servidor seja codificada com mais robustez ou que tenha mais recursos e o atraso entre uma atualização sendo sinalizada e realmente disponível para o download do seu dispositivo seja menor.
Quanto a como corrigi-lo, você não pode realmente enviar uma redefinição para o aplicativo da loja de aplicativos e precisa aguardar.