Na verdade, a vantagem número 1 em usar o MAMP é tremenda: cada vez que você atualiza seu sistema, seu ambiente não quebra!
Houve algumas atualizações do Snow Leopard (ou talvez tenha sido o Leopard no Snow Leopard, não me lembro) que quebraram o Mysql. Um foi movendo o arquivo mysql.socket. Houve outra atualização do PHP quebrado. Nos dois casos, eu tive que procurar na Internet por horas para encontrar sites obscuros com informações sobre como corrigi-los.
Com o MAMP, você não tem esse problema, pode instalar todas as atualizações do sistema operacional ou até limpar o disco rígido e instalar do zero (desde que faça um backup do aplicativo MAMP, é claro) e ainda tenha todo o seu ambiente como antes . Esta é a principal razão pela qual eu uso o MAMP. Fui mordido por esses problemas muitas vezes.
Desvantagens:
Ao compilar coisas novas, você precisa dizer para usar os arquivos MAMP e não os arquivos embutidos. Às vezes, isso pode ser um problema para alguns bits do Rails (vem a gem do Phusion Passenger que reclama por não encontrar as fontes apache). Mas, dependendo de quanto você está mexendo, o MAMP é uma dádiva de Deus.
Com relação à duplicação de coisas em sua unidade, a solução é muito simples, basta excluir as instalações internas que o incomodam, eu me livrei de / usr / local / Mysql para evitar conflitos. Embora eu não recomendo excluir apache e PHP.