Não tenho certeza se você ainda tem esse problema, mas isso também me confundiu.
Eu tenho usado Sparrow durante Mavericks. Após a atualização para o Yosemite, decido experimentar o mail.app nativo.
Parece bom, mas fiquei confuso ao parecer que, ao adicionar várias contas de email, ele mostrará as estruturas, como pastas, marcadores, etc. em separado, mas tem uma caixa de entrada que não gosto.
Acredito que a Apple não deveria fazer algo tão estúpido (embora às vezes o fizessem ...), mas enfim verifiquei tudo nas preferências, mas não consigo encontrar uma pista.
Finalmente, eu encontrei o jeito que eles fazem isso ....
Ao adicionar várias contas, você ainda recebe a caixa de entrada separada e as caixas de correio e lixo eletrônico enviadas para cada conta.
Ele acabou de ser agrupado ... procurando a pequena seta à esquerda na maior parte da Caixa de entrada, Rascunhos, Enviado, Lixo eletrônico, Lixo e Arquivo, depois de expandi-los, você encontrará sua conta. E você pode navegá-los separadamente.