Eu tive o mesmo problema intermitente ao conectar o meu Nexus 4. Fiz algumas pesquisas e reduzi meus logs ao seguinte:
Jun 10 01:22:30 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: CODE SIGNING: cs_invalid_page(0x1000): p=971[ksadmin] final status 0x0, allowing (remove VALID) page
Jun 10 01:22:30 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: CODE SIGNING: cs_invalid_page(0x1000): p=976[ksadmin] final status 0x0, allowing (remove VALID) page
Jun 10 01:22:31 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: CODE SIGNING: cs_invalid_page(0x1000): p=977[ksadmin] final status 0x0, allowing (remove VALID) page
Jun 10 01:22:31 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: AppleUSBMultitouchDriver::message - kIOUSBMessagePortHasBeenReset.
Jun 10 01:22:37 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: USBF: 19914. 97 AppleUSBEHCI::Found a transaction which hasn't moved in 5000 milliseconds on bus 0x1d, timing out! (Addr: 4, EP: 0)
Jun 10 01:22:37 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: AppleUSBMultitouchDriver::_deviceSetReport - DeviceRequest for reportID 0xac returned with result 0xe0004051 - retrying
Jun 10 01:22:37 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: AppleUSBMultitouchDriver::_deviceSetReport - DeviceRequest for reportID 0xac returned with result 0xe000404f - retrying
Jun 10 01:22:37 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: AppleUSBMultitouchDriver::_deviceSetReport - DeviceRequest returned error 0xe000404f (interface 1, reportID 0xac, payload 2
Jun 10 01:22:37 Steves-MacBook-Pro kernel[0]: AppleUSBMultitouchDebug: _deviceSetReport returned an error in configureDataMode
Jun 10 01:23:25 Steves-MacBook-Pro.local loginwindow[60]: magsafeStateChanged state changed old 1 new 2
Jun 10 01:24:26 localhost bootlog[0]: BOOT_TIME 1402356266 0
Pelo que sei, é essencialmente que o AppleUSBMultitouchDriver está falhando. Em seguida, ele tenta reiniciar o daemon responsável e finalmente falha com um erro. Depois disso, o teclado e o touchpad não respondem.
Tentei fechar o macbook (colocando-o no modo de suspensão) e depois acordá-lo. Isso não resolve o problema. No entanto, achei esta discussão discutindo conflito com o aplicativo Android File Transfer:
https://code.google.com/p/android/issues/detail?id=58416
Você tem um dispositivo Android?
Problemas mais antigos ocorrem a partir de um problema de hardware (por volta de 2009). No meu caso, tenho um cabo defeituoso que faz com que a conexão seja desconectada de vez em quando. Isso causa um aumento nas chances de mau funcionamento do software.