Como você sabe, de acordo com a sua pergunta, as preferências no aplicativo Visualizar aplicam-se apenas aos documentos quando abertos pela primeira vez. Parece que o OS X possui uma exibição padrão integrada para documentos em tela cheia. Eu tentei algumas coisas ...
- Abri um PDF para tela cheia e defina a exibição como Contínua para ver se isso continuaria e a exibição seria escolhida na próxima vez que eu fosse tela cheia. Não é o caso.
- Pesquisei todos os arquivos de preferências relacionados ao Preview (também usando o 10.9.2) e não encontrei nenhuma configuração nem indiretamente relacionada a uma configuração de exibição especificamente quando em tela cheia.
Eu diria que fazer o que você quer ou não é possível ou, na melhor das hipóteses, exigiria entrar em uma configuração de preferência em algum lugar com o qual você não gostaria de mexer. Meu palpite seria que é uma configuração dentro do conteúdo do pacote Preview.app. Brincar lá pode ficar peludo
Como alternativa para definir um novo padrão, o atalho do teclado para alternar para a Visualização contínua é:
CMD+1
Assim, você pode acessar rapidamente cada vez que entra em tela cheia e a visualização muda imediatamente. Não é exatamente o que você queria, mas é uma alternativa muito rápida.
Espero que ajude!