Bem, eu tive um problema semelhante na minha pasta Download. Muitas vezes recebi a mensagem 'O disco de inicialização está quase cheio'. O Finder exibia 37 GB nessa pasta, mas, verificando cada subpasta individualmente, o tamanho de tudo era 10 GB menor.
Portanto, ainda não consegui descobrir por que isso acontece, mas descobri como corrigi-lo.
O único problema é que o problema pode continuar aparecendo.
Portanto, para corrigir isso, vá para 'Preferências do sistema' -> 'Spotlight' e, em seguida, 'Privacidade'.
Clique no botão '+' e adicione o disco que contém a 'pasta de tamanho errado'. Pressione OKpara confirmação.
Reinicie o seu Mac (quando soube disso, esta etapa não foi mencionada. Fiz isso sozinha, apenas para garantir).
Após a reinicialização, volte ao sistema 'Preferências do sistema' -> 'Spotlight' e, em seguida, 'Privacidade'. Agora, clique no disco que você acabou de adicionar e remova-o (usando o botão '-').
E está feito o truque.
PS 1: MacBook Air 2010, OS X v10.8.5 (Mountain Lion), SSD de 256 GB
PS 2: Desculpe, não me lembro onde o aprendi, mas, na pior das hipóteses, você perderá um pouco de tempo enquanto o OS X reconstrói os índices de arquivos para melhorar a pesquisa de destaque.
PS 3: Se você perceber que o refletor não está pesquisando como deveria ser, é um sinal de que o procedimento acima deve ser executado.
PS 4: Outra dica que pode ser útil: Vá para o Utilitário de Disco, selecione seu disco e clique em 'verificar permissões de disco'. Depois de concluído, clique em 'reparar permissões de disco'.