A resposta do sentinel agora tem 7 anos, mas ainda funciona ... quase. Não funcionará atualmente como indicado.
Modificando um pouco, eis o novo procedimento a partir de 4/4/2017:
Crie uma nova lista de reprodução chamada "Existe". Não selecione nenhuma música primeiro, apenas crie-a em branco. Se você selecionar tudo e "Nova lista de reprodução da seleção", o iTunes NÃO verificará as músicas; portanto, não faça isso. Basta criar a lista de reprodução em branco.
Selecione Tudo na sua música e arraste todas as músicas para essa lista de reprodução. Isso levará alguns minutos para ser processado, pois é possível verificar se cada música pode ser encontrada.
Opcional - Selecione Todas as músicas novamente e tente criar uma "Nova lista de reprodução da seleção" para uma lista de reprodução "Exists - Old Method". Em seguida, compare a contagem de músicas dessa lista de reprodução com a contagem de músicas da lista de reprodução "Exists" do novo método. O novo método terá menos músicas, se não houver nenhuma.
Assim como no método antigo, crie uma Lista de reprodução inteligente chamada "Não existe" ou qualquer outra coisa, com as regras "A lista de reprodução não é 'Existe'" e "Tipo de mídia é música". Clique com o botão direito e atualize se não for atualizado na criação.
Essa lista de reprodução conterá todas as músicas que não foram encontradas. Se você sabe que eram apenas duplicatas ou o que seja, basta selecionar tudo, clicar com o botão direito e "Excluir da biblioteca" para eliminá-las e deixar as não duplicadas.
Isso limpou minha própria biblioteca depois que eu mudei alguns diretórios e os adicionei novamente.
E até que eu fiz isso, sincronizar com o meu iPhone estava errando algumas dessas músicas duplicadas e, portanto, não sincronizando as músicas, mesmo as duplicatas que existiam.
Obrigado por apontar o caminho, sentinela!