Eu tenho o mesmo problema com um MacBook Pro Retina e desde Yosemite.
Consegui rastrear a falha correspondente, a cada ocorrência do "logoff", é gerado um log de falha do WindowServer. Após o goolging, encontrei este post nos fóruns da Apple:
https://discussions.apple.com/message/26929324#26929324
Resumo da postagem (instruções detalhadas estão na postagem)
O bug pode ser devido a um vazamento de memória na memória de vídeo. Usuários com monitor externo são muito mais suscetíveis ao erro. Como ele trava o WindowServer, todos os usuários conectados são desconectados, mas às vezes parte do processo ainda permanece em execução.
- Desconecte todos os monitores externos;
- Corrija as permissões do sistema de arquivos usando o Modo de segurança;
- Redefina o Mac SMC e permita o início e o desligamento completos depois;
- Redefina a NVRAM (também chamada anteriormente de PRAM).
Eu fiz essas etapas e não posso ter certeza de que isso resolverá o problema. Esse logout aleatório não ocorria todos os dias e, às vezes, várias vezes no mesmo dia. Mas desde que eu os apliquei (hoje de manhã), eles não ocorrem mais, mas ainda é um pouco curto para ter certeza.
De qualquer forma vale a pena tentar !!