Eu também fiquei bastante confuso, tentando entender a nomeação de pastas / diretórios dos últimos meses.
As pastas sempre foram nomeadas de maneira estranha, mas não foram aleatórias - ao olhar para meus vários dispositivos iOS no passado (dos quais atualmente tenho três), todos eles pareciam estar trabalhando em algum tipo de sequência predefinida em termos de nomes de pastas exibidos (no meu caso) no Win Explorer no Windows 8.1. Cada uma dessas 'pastas' foi nomeada com um nome de 8 caracteres alfanuméricos e conteria até 1000 imagens, antes de passar para a próxima.
Então veio o iOS 8. Antes de tudo, eles pareciam permitir que pastas predefinidas (pelo iOS) aumentassem infinitamente mais do que apenas 1000 fotos. Em um ponto, tenho 3500 em uma das pastas. Então, o iOS 8.1 ou 8.1.1 (eu esqueço) mudou as coisas, para que as imagens fossem contidas em uma pasta individual a cada mês. No meu iPhone 4s e iPad Mini 2, eles ainda estão sendo executados em um título predefinido (ou seja, ambos usam os mesmos nomes de pastas comparados lado a lado, portanto não aleatórios). No meu iPhone 5c, toda vez que conecto o telefone, as pastas são etiquetadas de maneira diferente, o que parece realmente aleatório. Concordo com você que inúmeras pastas estão sendo criadas; mesmo que você tire apenas uma foto por mês durante 12 meses, verá 12 pastas para cada um desses meses (acredito).
Meus 4s, Mini 2 e 5c estão todos executando o iOS 8.1.2. Não tenho idéia do porquê o 5c está se comportando de maneira diferente; Para resumir, todos estão criando pastas nomeadas de 8 dígitos para cada mês de fotos, mas apenas o 5c faz isso aleatoriamente toda vez que eu desconecto e conecto novamente à porta USB. Como alguém disse acima, o iPhone usa algum tipo de banco de dados light-SQL para armazenar e ditar todo tipo de coisas, e acho que as pastas são geradas 'virtualmente' a partir disso, então deve haver algo estranho acontecendo nesse banco de dados no meu 5c (e provavelmente seu dispositivo, pelo que você descreveu) que provavelmente apenas a Apple pode responder .....
Espero que de alguma forma ajude, se nada mais concordar, você não é a única perplexa aqui! :-)