Parece-me que os scripts que são salvos como * .applescript devem sempre ser o texto bruto e não compilado, enquanto os que são salvos como * .scpt podem ser o texto bruto ou o programa compilado.
Que vantagens / desvantagens existem no uso de cada extensão?
Uma pergunta complementar: existe uma extensão análoga a * .applescript para a nova linguagem JavaScript for Automation (JXA)? Talvez * .jxa?