Eu diria que fique na Biblioteca do iPhoto se esse for o aplicativo que você continuará usando por enquanto.
Quando você trocar para o Fotos, faça a importação novamente.
A Biblioteca de fotos fica acinzentada se você tentar abri-la no iPhoto. Quaisquer alterações feitas na Biblioteca do iPhoto não serão refletidas na Biblioteca de fotos, o que significa que você gradualmente ficará fora de sincronia até que o iPhoto não funcione mais (OS X 10.11, quem sabe?) E será necessário reimportar naquela hora.
Espaço de armazenamento da
biblioteca de fotos Na verdade, a Biblioteca de fotos é apenas uma coleção de links físicos para os dados reais no disco e, portanto, não ocupa nada como a quantidade de espaço relatada pelo Finder.
Mais sobre links físicos da Ars Technica :
Um link físico é simplesmente uma referência a alguns dados no disco. Pense em um arquivo como uma combinação de um nome e um ponteiro para alguns dados. Excluir um arquivo realmente significa excluir a parte do nome dessa dupla. Quando não houver mais nomes apontando para uma parte específica do disco de dados, esse espaço em disco poderá ser reutilizado. "
Isso significa que, enquanto um dos ponteiros para os dados ainda existir, os dados ainda estarão em uso. Somente com a exclusão de ambos os dados serão realmente excluídos.
Ref: Apple KB - Fotos economiza espaço em disco ao compartilhar imagens com as bibliotecas do iPhoto ou Aperture