Passei muito tempo resolvendo esse problema e espero que isso ajude, mesmo que não seja a causa mais comum do problema.
O problema para mim aqui é saber se o Fotos e o iPhotos armazenam suas fotos duas vezes em dois espaços diferentes do seu disco rígido ou apenas um com um link simbólico.
Eu disse que para mim são dois lugares diferentes (e não é uma coisa boa). Se você observar os tamanhos de uma imagem específica nos dois diretórios, eles não serão os mesmos. Portanto, para mim, não é o mesmo objeto (um link físico teria EXATAMENTE o mesmo tamanho). Se você fizer 'ls -lha' para esses 2 arquivos (mesma imagem):
/Users/doubelle/Pictures/iPhoto Library.migratedphotolibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
/Users/doubelle/Pictures/Photos Library.photoslibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
Você obtém esses diferentes tamanhos de arquivo
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 38199 1 jul 22:47 IMG_0762.jpg
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 37136 1 jul 22:48 IMG_0762_migrated.jpg
Dessa forma, você pode saber se um arquivo está vinculado ou duplicado.