Outra opção, que usa o Keyboard Maestro para executar um Applescript, é detalhada aqui: http://genuinecuriosity.com/unnotify
Eu o mapeei para pressionar Command Option 0todas as caixas de diálogo de alerta abertas.
Basicamente, criei um Applescript para clicar no primeiro botão em todos os alertas abertos (normalmente em Fechar) e faz isso até que todos os alertas sejam limpos. Você pode usar o Applescript diretamente através do Keyboard Maestro (conforme descrito no meu artigo) ou criar um Serviço com o Automator (isso é um pouco mais complicado devido aos requisitos de permissões de acessibilidade).
O Applescript completo está incluído no artigo, junto com uma captura de tela mostrando a configuração no Keyboard Maestro.