Respostas:
A App Store distribui apenas uma versão de cada aplicativo. O Xcode 4.0 não está mais disponível, pois o Xcode 4.1 o substituiu.
Se o autor do software desejar manter uma versão mais antiga na loja, a nova versão deverá ser carregada como um item vendável diferente.
Nesse caso, a Apple não escolheu deixar os dois.
Você pode obter várias versões do Xcode ingressando nos programas de desenvolvedor pagos. A última vez que verifiquei, o Xcode 3 estava disponível com a conta gratuita . Ele roda no Snow Leopard - mas parece que você não pode mais comprar o Xcode 4.0 sem uma conta de desenvolvedor paga - pode até não estar disponível para os desenvolvedores - você pode perguntar antes de pagar, se realmente precisa de 4.0 e apenas 4.0.
Aqui está um link para o Xcode 3.2.6 para Snow Leopard que encontrei no developer.apple.com. Não consegui encontrar as versões 4.0 ou 4.1.
O site https://developer.apple.com/downloads possui um campo de pesquisa. Digite "Xcode" e você verá "Xcode 3.2.6 e iOS SDK 4.3 para snow leopard". Você pode fazer o download de uma versão do Xcode que não seja na App Store depois de se inscrever como desenvolvedor.
Você pode obter versões variadas do Xcode desde o Xcode 2.3. Você pode fazer isso sem uma conta paga, mas precisa se registrar como desenvolvedor da Apple.