Também prefiro que Mail.app não marque a próxima mensagem como lida. Eu também estou usando Yosemite. A única maneira que eu conheço para fazer isso é ocultar o visualizador de mensagens:
Correio => Preferências => guia Visualização => selecione 'Usar layout clássico'
Agora, a janela Correio mostra apenas a lista de caixas de correio à esquerda (que é opcional) e as mensagens na caixa de correio atual à direita. (Pode ser necessário arrastar o divisor entre o painel da lista de mensagens e o painel do visualizador de mensagens até a parte inferior da janela.) Para exibir uma mensagem, clique duas vezes na exibição de lista e ela será aberta em uma janela separada. . A partir daí, você pode fechar, responder, encaminhar, marcar ou excluir. Se você excluí-lo, a próxima mensagem na lista será destacada, mas não marcada como lida até que você a abra.
Espero que isto ajude.