Esta é uma grande pergunta. Esse pode ser o comportamento pretendido, e não um bug. O Controle da Missão parece ter mesclado o antigo Expose e o antigo Spaces. Com isso em mente, o lançamento de um novo aplicativo em tela cheia o coloca em seu próprio desktop. Quando você acessa o Mission Control, vê-o colocado à direita da área de trabalho original e vazia. Abra um segundo aplicativo em tela cheia e que o colocará novamente em sua própria área de trabalho, ao lado do primeiro aplicativo em tela cheia que você abriu.
Assim como as telas iniciais no iOS e os antigos Spaces, parece que a Apple pretende que esses desktops permaneçam, em termos de espaço, no mesmo lugar. O email está "à esquerda" do Safari se eu abrir o Safari após abrir o Mail. Concordo que essa noção espacial colide com nosso entendimento pré-concebido do comutador. Isso é o mesmo motivo pelo qual esconderijo está desativado para aplicativos em tela cheia (pressionando ⌘+ Hvai não ocultar um aplicativo de tela cheia).
Se tudo estiver em tela cheia, o conceito de ocultar se torna menos relevante. Penso nas versões mais antigas do Mac OS, onde você tinha pilhas e pilhas de janelas. Ocultar um aplicativo como o Adobe Photoshop (e todas as suas muitas janelas filho abertas para cada uma das minhas muitas imagens abertas) fazia sentido. Se essa janela de "empilhamento" não estiver espacialmente presente (porque esses aplicativos de tela cheia agora estão lado a lado, não estão realmente empilhados), então quase faz sentido que não funcione.
Dito tudo isso, não posso concordar mais que o Lion tenha mexido completamente com o fluxo de trabalho de muitos usuários antigos do Mac. Eu não concordo necessariamente com as decisões da Apple aqui, estou apenas tentando bancar o advogado e ver se este em particular tem alguma explicação que faça sentido. Espero que isto ajude.
Atualização:
este artigo no TidBITS menciona um novo recurso no Lion chamado Rescisão automática. Eu não estava ciente desse recurso. Gostaria de saber se o comportamento que está sendo experimentado pelo autor desta pergunta está relacionado a isso.