Filemaker versões anteriores a 12 posso ou não posso funciona bem no sistema operacional 10.10.x
De Suporte ao Filemaker :
O FileMaker 12 e versões anteriores do FileMaker não foram testados ou
certificado com o OS X Yosemite (10.10). Estes produtos foram desenvolvidos
e lançado antes do OS X Yosemite se tornar disponível.
Embora essas versões anteriores possam ser instaladas e executadas no OS X Yosemite
(10.10), você pode encontrar problemas de instalação e estabilidade para os quais não há resolução . (Itálico adicionado)
Embora você possa obter versões mais antigas (a versão 9 foi liberada de volta no OS X 10.5 dias) para funcionar em sistemas mais recentes, é um acerto e um erro. Você pode tentar uma nova instalação novamente do FileMaker para ver se consegue fazer com que ele fique 'preso'. Tenha o cuidado de manter um backup dos seus dados. Eu posso imaginar que se você ainda estiver usando o FM 9, você tem uma grande quantidade de dados importantes que se acumularam em sua solução ao longo dos anos.
Quanto aos arquivos faltantes exatos entre suas instalações, isso exigiria uma visão profunda das duas instalações e compararia cada pequeno arquivo no sistema. Extremamente doloroso. É impossível determinar sem acesso ao sistema em questão.
Os arquivos a serem verificados são arquivos do sistema no ~/Library/Application Support/FileMaker e possivelmente outros lugares.
Existem vários desenvolvedores profissionais que podem ajudá-lo a migrar sua solução para uma versão mais recente. (atual é o FileMaker 14) Isso é caro, mas se o seu negócio depende de dados e tempo de inatividade é fundamental, este é um pequeno preço a pagar. A conversão de um arquivo de .fm7 para .fm12 não é trivial, mas não é muito difícil para um desenvolvedor experiente. (Não assumindo seu nível de habilidade de desenvolvimento aqui.) Isso provavelmente seria melhor, pois prolongaria a vida útil de sua solução. Especialmente com o OS X 10.11 na esquina.