Você definitivamente usou a linha de comando para excluir a pasta?
Um comportamento que me pareceu estranho algumas vezes no OS X é que, se você estiver trabalhando em uma pasta no Terminal, mas depois a excluir no Finder, poderá continuar trabalhando com a pasta perfeitamente feliz no Terminal. Mesmo em sua nova casa no lixo.
Se você tentar abrir a Lixeira no Finder e acessar qualquer coisa lá dentro, poderá obter um erro, mas no Terminal você poderá trabalhar com os mesmos arquivos com bastante satisfação. Você pode até iniciá-los a partir daí e continuar trabalhando com eles em outros aplicativos perfeitamente felizes (por exemplo, abrir um arquivo txt no TextWrangler).
Além disso, se você digitar "abrir". no Terminal, a pasta será aberta na janela do Finder e tudo ficará bem até o momento em que você tentar abrir um arquivo. Nesse momento, o Finder dirá "O documento XXX não pode ser aberto porque está na Lixeira. "
Para tornar as coisas ainda mais estranhas, mesmo que outros aplicativos identifiquem o caminho para a pasta e seu conteúdo ~/.Trash/foldername, como se você digitar pwdo Terminal, ele ainda achará que está no local anterior.
Se você não tivesse reiniciado, eu sugeriria clicar com o botão direito do mouse no título da janela para ver se a pasta na janela do Finder está onde você estava. Mas agora que você reiniciou ... :)