Para o registro, estamos falando sobre isso:

O problema é que o OS X não se lembra se você desmarcar a caixa de seleção no último desligamento - ele sempre manterá a caixa de seleção marcada por padrão nos desligamentos subsequentes.
Encontrei duas soluções diferentes para esse problema , que parecem funcionar, embora não sejam ideais.
Abra Terminal.app e insira os seguintes comandos:
defaults write com.apple.loginwindow TALLogoutSavesState -bool false
defaults write com.apple.loginwindow LoginwindowLaunchesRelaunchApps -bool false
Isso desativa efetivamente a opção "reabrir janelas ao efetuar login novamente", embora a caixa de seleção ainda pareça estar marcada. Você pode simplesmente ignorá-lo.
Receio que não haja solução melhor, pelo menos não no momento.
Atualização: o OS X 10.7.4 corrigiu isso - agora ele se lembra da sua seleção:
