Existem alguns aplicativos que podem "alternar", na medida em que são executados como um aplicativo com janela / tradicional, onde é exibido na tela do alternador de aplicativos e como um aplicativo em segundo plano ou aplicativo da barra de menus.
Para exemplos disso, veja Dash , Take Five e Skitch . Cada um tem uma preferência para executar em "primeiro plano" ou "plano de fundo" e, quando você faz uma alteração nessa preferência, precisa sair e reiniciar o aplicativo para que o sistema saiba como lidar com a estação, janelas e menu barra, bem como o alternador de aplicativos.
Não vejo nenhum sinal de que o iTerm 2 tenha essa funcionalidade; portanto, na melhor das hipóteses, você precisará modificar o aplicativo ou recompilá-lo, se estiver pronto para usar e não tiver a opção de alternar no aplicativo. Minha suspeita é que o aplicativo precisará de mais programação adicionada para lidar com ambos os casos e você precisará conviver com esse aplicativo no comutador ou escolher uma ferramenta de emulação de terminal diferente.
Basicamente, o sistema operacional pode acomodar um aplicativo projetado para sair da estação de acoplamento e do alternador de aplicativos, mas não é tão simples como definir uma preferência em qualquer aplicativo que você deseja alterar.