Quando você faz backup em um volume de rede, o Time Machine cria uma pasta de pacote esparsa. Não há grandes alterações entre 10.11 e 10.10, então duvido que a atualização tenha causado alguma coisa. É provável que você esteja vendo os arquivos da banda pela primeira vez ou algo coincidente e não causado pela atualização alterou os arquivos.
Gostaria de abrir a pasta no Finder e ver se você pode clicar no pacote para montá-lo. Procure no Console.app os erros de montagem do volume ou use o Disk Utility para verificá-lo. Se você estiver vendo os arquivos no terminal ou no Windows - eis o que você deve ver dentro do pacote esparso, se as coisas estiverem funcionando corretamente e não houver corrupção:
mac:~ bmike$ ls -laeO /Volumes/TimeMachineBackups/Mac.sparsebundle
total 208
drwx------@ 1 mike staff - 16384 Nov 10 08:16 .
drwx------ 1 mike staff - 16384 Nov 10 08:50 ..
-rw-r--r-- 1 mike staff - 499 Sep 14 14:06 Info.bckup
-rwx------ 1 mike staff - 499 Sep 14 14:06 Info.plist
drwx------ 1 mike staff - 16384 Nov 10 07:09 bands
-rw-r--r-- 1 mike staff - 512 Nov 10 07:58 com.apple.TimeMachine.MachineID.bckup
-rw-r--r-- 1 mike staff - 512 Nov 10 07:58 com.apple.TimeMachine.MachineID.plist
-rw-r--r-- 1 mike staff - 1302 Nov 10 08:16 com.apple.TimeMachine.Results.plist
-rw-r--r-- 1 mike staff - 13523 Nov 10 08:16 com.apple.TimeMachine.SnapshotHistory.plist
-rwx------ 1 mike staff - 0 Sep 14 14:06 token
mac:~ bmike$ ls -1 /Volumes/TimeMachineBackups/Mac.sparsebundle/bands/ | wc -l
21276
As ls
bandeiras são minúsculas L, minúsculas A e E, maiúsculas O no primeiro comando e o dígito 1 no segundo. Como você pode ver, os arquivos de banda devem numerar entre 20k e 40k arquivos de nomes ímpares para conter o sistema de arquivos real que armazena todos os dados de backup.