Eu também tive o problema de reindexar depois que atualizei para o Lion. No entanto, o problema não existia para todos os usuários, apenas para o que estava usando o FileVault 1.
Depois de algumas semanas eu fiquei mais frustrado e correu ... †
$ sudo mdutil -a -i off
... no Terminal - e no mesmo minuto percebi que a configuração era aplicada em todo o sistema. Dei de ombros e desfrutei de algumas horas de sessão sem reindexação, após as quais decidi reativar o Spotlight, pois é crucial para o meu fluxo de trabalho em outras contas de usuário; assim:
$ sudo mdutil -a -i on
E enquanto eu estava nisso, decidi apagar o índice antigo e reconstruir o novo do zero com:
$ sudo mdutil -aE
Fiz isso cerca de um mês atrás e não encontrei a reindexação "inútil" desde então. Estou felizmente surpreso porque corrigir o problema foi apenas uma coincidência.
Então, você tentou desligar e ligar novamente?
†) o -a
sinalizador aplicará a ação a todos os volumes que podem não ser algo que você deseja - e na verdade não era o que eu também queria, mas eu só queria falar sobre o assunto.