Eu uso Option-Enter MUITO. Meus principais usos são colocar uma nova linha em uma mensagem em Mensagens e abrir um URL em uma nova guia no Google Chrome. Sei que posso pressionar Command-T, mas geralmente quero modificar um pouco o URL e abrir em um nova guia de uma só vez.
Isso costumava funcionar bem o tempo todo, agora funcionará por um tempo e depois parará até a próxima reinicialização. Eu olhei para System Preferences-> Keyboard-> Shortcuts e não há nada definido para Option-Enter.
Se houver um provável culpado, entre em contato. Caso contrário, se você puder explicar como determinar qual aplicativo ou processo está afetando isso.
Executando o El Capitan 10.11.3