De acordo com EveryMac.com/EveryiPhone.com , o SE de 64 GB foi vendido (nos EUA porque você não especificou um país diferente) com o iOS 9.3 pré-instalado.
O iOS 10 foi lançado em setembro de 2016 e acredito que todos os iPhones após essa data vieram com 10 pré-instalados, incluindo o modelo de 64GB. Posso comprar a Best Buy perto de mim e eles anunciaram um SE de 64 GB com o iOS 10 pré-instalado. Você precisaria garantir que o que deseja comprar foi distribuído antes de setembro.
Como isenção de responsabilidade padrão, eu não recomendaria que você ficasse com o iOS 9. Muitos aprimoramentos de segurança foram emitidos e continuam sendo emitidos com as versões mais recentes. Você se deixa aberto a ser comprometido com um sistema operacional mais antigo.