Respostas:
A razão para isso é que a Apple parece não tratar seu aplicativo Terminal da mesma maneira que outros aplicativos em termos de configuração permanente das teclas de funções na barra de toque. Em vez disso, você precisa seguir estas etapas:
Outra opção é usar outro aplicativo como seu terminal (como o iTerm2 ) e siga as etapas usuais para definir permanentemente as teclas de função na barra de toque.
Com base nas suas capturas de tela, parece que você conhece as etapas para fazer isso, mas apenas para ter certeza e para o benefício de outras pessoas:
Agora, sempre que você estiver usando o aplicativo, a barra de toque deve exibir todas as teclas de função.