Você está vendo algumas primeiras indicações de RSI porque está usando a mão da maneira que não está acostumado e, possivelmente, porque o mouse não cabe na sua mão.
Mudar para um mouse normal é um bom primeiros socorros, principalmente porque você percebeu que o problema desapareceu ou se tornou menos problemático. Para algumas pessoas, leva apenas tempo para se acostumar com novos movimentos, enquanto outras não poderão usar o novo dispositivo por períodos mais longos. Essas pessoas infelizes não devem se forçar a usar dispositivos que não são confortáveis para elas, e isso pode incluir você.
O problema com o mouse mágico, IMHO, é que ele é pequeno demais para ser realmente útil como um dispositivo de gesto, porque você está gesticulando com a mesma mão que usa para segurá-lo. Isso é complicado, o que estressa a anatomia da mão e algumas pessoas desenvolvem problemas a partir disso. Outros podem não notar nenhum problema - todo mundo é diferente.
Solução:
- Mude para um mouse diferente.
- Se você precisar usar a entrada por gesto, use um dispositivo separado para isso. A Apple oferece o touchpad mágico, que é uma versão mais simples e menor da série original de dispositivos FingerWorks iGesture que você ainda pode comprar usado no eBay. E seus laptops também possuem trackpads multitoque.