Você pode escrever para proteger o aplicativo via Terminal da seguinte maneira:
sudo chflags -R schg /Applications/Some.app
Com esse sinalizador, o aplicativo não pode ser modificado pela raiz. A AppStore ainda tentará atualizar o aplicativo, mas não tem permissão para fazê-lo, resultando na atualização suspensa na seção Atualizações eternamente. Além disso, a cada tentativa de atualização, a AppStore sai do aplicativo. Portanto, pode ser irritante. Em alguns casos, essa ainda pode ser a melhor opção, pois a atualização de um aplicativo pode torná-lo inútil, à medida que mais e mais desenvolvedores disponibilizam aplicativos comprados anteriormente gratuitamente e desejam que você assine os recursos que já comprou.