Eu tive o mesmo problema (somente com o SourceTree, após uma atualização), e ver a resposta de @ kopischke me lembrou de outro segmento Ask Different, em outro problema no banco de dados LaunchServices:
Por que a lista de aplicativos "Abrir com" do meu Mac começa a listar os aplicativos duas e às vezes três vezes?
O comando de redefinição do LaunchServices, desde que seja um pouco diferente daquele fornecido pelo @kopischke:
/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
Eu tentei isso e resolveu o meu problema "Abertura de aplicativo pela primeira vez". Mas isso não exigiu que eu refizesse todas as outras aplicações também (apenas algumas; não vi um padrão óbvio). Portanto, pode valer a pena tentar isso antes de tentar a sugestão anterior.