Esse comentário no subreddit da apple me levou a esse tópico em que as pessoas discutem esse problema em relação a um aplicativo chamado Cinch. No tópico sobre isso nos fóruns da apple, as pessoas mencionam vários outros aplicativos que também podem estar causando esse problema.
O que está causando esse problema?
Pelo que pude entender, esse problema parece estar relacionado a aplicativos que usam Torneiras de Eventos (uma API que permite que os aplicativos escutem diretamente eventos de teclado e mouse). Eu acho que existe A) um bug no OS X, onde os Event Taps às vezes param de funcionar por qualquer motivo, ou B) os programadores de aplicativos têm dificuldade em usar corretamente os Event Taps.
O que posso fazer sobre isso?
Se isso é realmente causado por um bug do OS X (isso me parece mais provável), esse problema não pode ser completamente corrigido pelos usuários finais. No entanto , há uma coisa que você pode fazer com que isso aconteça com menos frequência: No encadeamento Cinch , há um link para um aplicativo que lista todos os aplicativos em execução que possuem os Taps de Eventos abertos. Se parece com isso:
Eu acho que quanto mais aplicativos em execução você tiver um Tap de Evento aberto, mais frequentemente você terá um Tap de Evento entupido em algum lugar e o problema de espaço ocorrerá com mais frequência como consequência disso.
Portanto, se você estiver tendo esse problema, tente executar o menor número possível de aplicativos que aparecem no EventTaps.app.
Pois sempre que a questão não acontecer, matar o Dock utilizando qualquer método que você achar mais conveniente. Eu mantenho o snippet AppleScript que Chris R postou em sua resposta em um aplicativo na minha área de trabalho e o executo sempre que houver espaços bloqueados.