Para impedir que esses arquivos feios .DS_Store apareçam, parece haver uma opção relativamente nova para fazer isso de forma limpa, não apenas para unidades de rede, como:
defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores -bool true
mas também para volumes conectados por USB:
defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteUSBStores -bool true
Em relação ao título da pergunta dos OPs, esta é a melhor solução sem hacks, pois aborda não apenas o mau comportamento da rede, mas também é efetuada para a maioria dos discos conectados. E esse pode ser o maior incômodo para a maioria dos usuários que compartilham dispositivos como pen drives entre diferentes ambientes. Ele usa apenas as opções fornecidas pela Apple e não interfere na operação normal de forma alguma.
Em relação à situação concreta explicada no corpo dos OPs, é de valor limitado, pois essa opção USB está disponível apenas nas versões posteriores do OS X / macOS. Além disso, isso ainda não trata do problema da .DS_Store
criação em discos internos, onde eles também podem ser um aborrecimento. Embora naquele lugar eles possam realmente servir a algum tipo de propósito.
Uma solução mais abrangente para esse problema, embora mais hackish, que funcione na maioria das versões do sistema operacional Mac é a seguinte: Para destruir completamente esse comportamento desagradável em todos os discos - e com um patificador / injetor de código binário, como a questão de o OP anseia - existe DeathToDSStore / com fonte .
Ambas as opções assumem que alguém ainda usa o Finder ... Usar um gerenciador de arquivos diferente também resolveria esse problema. Existem vários concorrentes para substituir o Finder pelo gerenciamento de arquivos no macOS. Dois dos principais cães nesse campo são o Pathfinder ou o XFile .