Eu também já vi isso acontecer no meu sistema algumas vezes. Para mim, isso acontece exatamente quando um backup do Time Machine é concluído (também estou fazendo backup em um USB HD externo). Estou executando o macOS Mojave 10.14.3 (18D42).
É muito provável que o Time Machine crie esse arquivo para recuperar o sistema operacional no caso de o backup falhar e danificar o sistema. Provavelmente, ele exclui esse arquivo automaticamente se não houver problemas na conclusão do backup.
Caso o Time Machine não seja o único culpado, recomendo pesquisar em seu sistema a origem do arquivo. Abra o aplicativo "Terminal" e execute o seguinte comando:
sudo find / -name BaseSystem.dmg -type f 2>/dev/null
Isso solicitará sua senha de administrador, pois ela pesquisará todos os arquivos em seu sistema (mesmo aqueles pertencentes ao usuário root). Dependendo do tamanho do seu disco rígido, isso pode levar muito tempo.
Para mim, o único arquivo encontrado foi em /Library/Application Support/com.bombich.ccc/Recovery/BaseSystem.dmg
. Este é um diretório usado pelo aplicativo Carbon Copy Cloner da Bombich Software. Sei que este aplicativo arquiva a partição de recuperação para o seu sistema operacional (para que você possa reinstalar o macOS, se necessário), por isso estou assumindo que esse arquivo DMG esteja relacionado a isso.
Eu não tentei, mas presumo que, se eu excluir esse arquivo CCC, ele será recriado pelo CCC posteriormente. Como outros já declararam, esse arquivo não parece ser malicioso ou prejudicial, portanto, mantê-lo ou excluí-lo provavelmente não importa muito e depende de você.
Se você realmente quiser, poderá excluir todos esses arquivos com o seguinte comando:
sudo find / -name BaseSystem.dmg -type f -delete -print