Resposta curta: não há uma maneira conhecida de realmente acelerar a animação.
Mas você pode torná-lo marginalmente mais rápido com alguns ajustes.
Sua melhor aposta é obter um dos aplicativos de "ajustes" de terceiros, como Cocktail ou TinkerTool e desativar qualquer um dos colírios relacionados ao Dock.
Eu recomendaria o TinkerTool, pois ele tem mais opções relacionadas ao Dock no momento.
Em particular, eu recomendo desativar "Usar ícones transparentes do Dock para mostrar aplicativos ocultos". E ative "Desativar o efeito de vidro tridimensional do Dock".
Isso provavelmente terá apenas um benefício mínimo, mas poderá ajudar um pouco.
E se alguém não descobrir como para acelerar essa animação, vai ser as equipes no Cocktail ou TinkerTool, assim que ter um desses aplicativos significa que você provavelmente vai ser um dos primeiros a saber.
ETA: A maneira mais rápida de todas: desative o Auto-Hide.
Eu mantenho meu Dock no lado direito e ocupa muito pouco espaço na tela. São principalmente os pixels verticais que são preciosos.
E com o novo recurso FullScreen do Lion, se eu realmente precisar escondê-lo para minimizar as distrações, basta usar o aplicativo atual no FullScreen.