É possível alterar o ID da Apple em um iPhone. Você pode fazer isso acessando Configurações> iTunes e App Store e faça logout com o seu ID Apple atual. Depois disso, você pode fazer login com o novo Apple ID.
Quando você baixa / compra um aplicativo na App Store, ele é conectado ao Apple ID usado para fazer o download / compra. Isso significa que, se você começar a usar um ID Apple diferente para baixar / adquirir novos aplicativos, não há problema em atualizá-los.
Como você mencionou, você tem, por exemplo, o WhatsApp instalado. Se houver uma atualização para o WhatsApp na App Store, você ainda poderá atualizá-la, mas precisará usar a senha do Apple ID do seu "antigo" ID Apple.
Em uma nota lateral, você pode fazer um backup do seu histórico do WhatsApp (textos e mídia) no iCloud. Depois disso, você pode excluir e reinstalar o WhatsApp e restaurar o backup.
Não sei se outros aplicativos importantes para você têm a mesma funcionalidade para criar um backup no iCloud.