Abra Mobile Safari e visite m.gmail.com
Entre e navegue até a lista de pastas.
Há uma roda de engrenagem no canto superior direito, toque nela.
Aqui você pode definir sua assinatura "móvel" e optar por usá-la em vez de sua assinatura de desktop.
Agora, isso também se aplica ao e-mail enviado pelo aplicativo do Gmail.
EDITAR
Há uma atualização para o aplicativo do Gmail que permite que você faça a mesma coisa, mas de dentro do aplicativo. Mostre o menu clicando no ícone no canto superior esquerdo da tela e você verá uma roda de engrenagem. Toque nessa e você pode definir sua assinatura móvel lá.