Suponha que seu endereço de email seja "you@gmail.com" e seu outro endereço de email seja "you@owndomain.com".
Ao configurar uma conta de e-mail no seu iPhone, você diz qual conta deseja usar para fazer login e enviar / receber e-mails.
Você pode alterar a linha "De:" para o que quiser (usando o "truque de vírgula" no iOS ou outras configurações em outros clientes de email), mas o Google não deseja que você possa "falsificar" seu endereço de email sem fazer ficou claro de qual conta ele veio. As razões para isso devem ser óbvias.
Ao enviar um email, você se conecta a um servidor SMTP e fornece seu nome de usuário e senha. se esse nome de usuário for "you@gmail.com" e a linha "De:" for "you@owndomain.com", o Gmail adicionará automaticamente o cabeçalho "Remetente:" que contém seu endereço real do Gmail. (O Outlook exibe isso como "via", acredito).
A única maneira de evitar isso é ter o nome de usuário com o qual você efetua login como "you@owndomain.com" em vez de "you@gmail.com".
A maneira mais fácil de fazer isso é usar o Google Apps no seu domínio, que é gratuito para até 10 usuários.
Você ainda pode configurá-lo como uma conta "Gmail" no iOS, mas, quando enviar um email, ele não terá o cabeçalho Remetente: adicionado porque você está enviando da mesma conta usada para fazer login.
A única desvantagem é que você terá duas contas agora no aplicativo iOS Mail, que é (presumo) o que você queria evitar usando o truque de vírgula em primeiro lugar. Você terá que decidir o que é mais importante: ter uma conta de e-mail no iOS (e ter "via" / Sender: cabeçalho adicionado) ou não ter Sender: adicionado e ter mais de uma conta de e-mail.)