Se você está familiarizado com o terminal, o rsync é um ótimo utilitário que sincroniza pastas facilmente. Dê uma olhada em um tutorial aqui (o tutorial está no site "Everything Linux", mas o utilitário rsync vem com Linux e Mac OS X).
Comandos de exemplo:
Copie / mescle tudo mais novo de SOURCE para DEST , não exclua nada:
rsync -va /path/to/folder/SOURCE/ /path/to/folder/DEST/
Copie tudo o que há de mais novo no DEST e exclua todos os itens do DEST que não existem no SOURCE :
rsync -va --delete /path/to/folder/SOURCE/ /path/to/folder/DEST/
Certifique-se de incluir a barra /
à direita no final dos caminhos da pasta.
Uma dica útil aqui é que você pode arrastar pastas para a janela do Terminal para inserir o caminho completo para essa pasta (ou arquivo), economizando muitas digitações e erros de digitação.